Bangsa Yunani juga melakukan cipher pertama yang tercatat dalam sejarah dengan menggunakan subsitusi numerik. Cipher ini biasanya dioperasikan dengan menulis huruf alfabet pada sebuah grid dan kemudian menggunakan koordinat grid untuk menukar setiap huruf pada sebuah pesan.
34 51 33 41 24 51 42 33 12 43 24 31 51 23 51 33 44 34 44 43 42 44 32 11 31 11
Cipher bisa dengan mudah diubah dengan mengganti pola dari huruf-huruf pada tabel di atas. Julius Caesar juga menggunakan cipher subsitusi yang sederhana, menggunakan huruf alfabet yang biasa, tetapi mengganti satu huruf dengan yang lain. Pada sistem ini, Caesar menulis D mengganti A dan E mengganti B.
Cipher yang digunakan dalam bidang militer meningkat sejak abad ke 18, dan metoda yang digunakan semakin rumit. Sebagai tambahan dari metode subsitusi, digunakan cara-cara lain seperti menyembunyikan pesan di dalam partitur musik.Perang sering kali menjadi waktu untuk inovasi kriptografik karena pentingnya menyimpan informasi dari jangkauan tangan musuh, dan militer tetap menjadi pemakai utama dari enkripsi. Sejak Perang Dunia II, metode mekanis telah umum dibandingkan sistem manual. Dari sistem seperti mesin Enigma yang berasal dari Jerman, sampai software packages untuk komunikasi berbasis komputer seperti e-mail, atau device untuk mengenkripsi komunikasi suara. Enkripsi suara semakin rumit karena enkripsi biasanya beroperasi pada aliran data digital dan suara biasanya berupa sinyal analog – sehingga gelombang suara harus didigitalkan dan kemudian dienkripsi sebelum melakukan transmisi dan kemudian di dekripsi dan diubah kembali ke bentuk gelombang sinyal analog untuk penerima. Kebanyakan enkripsi konvensional mengharuskan kedua pihak untuk membagi sebuah secret key, yang digunakan bersamaan dengan sebuah algoritma untuk mengenkripsi atau mendekripsi sebuah file.
Sistem enkripsi juga membutuhkan sebuah algoritma, yang mengatur proses yang digunakan untuk mengenkripsi pesan. Ada beberapa algoritma yang tersedia untuk enkripsi, beberapa diantaranya dirahasiakan oleh pengembangnya dan beberapa dibuat terbuka buat umum. Pada awal tahun 1970an, algoritma Data Encryption Standard diperkenalkan, yang menggunakan key 56 bit untuk mengenkripsi dan mendekripsikan informasi. DES membagi setiap pesan dalam blok-blok dan meng-encode setiap blok satu pada setiap waktu. DES diadopsi sebagai algoritma yang diakui untuk penggunaan US Federal, tetapi tidak lagi dianggap cukup aman karena sebuah key 56-bit bisa dibuka secara paksa dalam waktu yang relatif cepat. DES kemudian diganti oleh Advanced Encryption Standard (AES), menggunakan algoritma Rijndael. AES beroperasi dengan key 128,192, atau 256 bit. Pada skema kriptografi public key, setiap pemakai mempunyai satu pasang key : satu private dan satu lagi public. Public key tidak bersifat rahasia biasanya disediakan kepada semua orang yang ingin mengirim sebuah pesan yang terenkripsi kepada pemilik key. Pengirim menggunakan public key untuk mengenkripsi sebuah pesan dan penerima (pemilik kedua key) kemudian menggunakan private key untuk mendekripsi pesan yang masuk. Hanya private key yang cocok yang bisa membuka pesan yang diamankan dengan public key.












